《东南大学学报(自然科学版)》和Journal of Southeast University (English Edition) 是东南大学主办的以机械动力、能源环境、材料科学、电力电气、通信工程、电子工程、计算机工程、自动控制、仪器科学、土木交通和生物医学等专业学科为主的学术期刊。
　　《东南大学学报(自然科学版)》被美国《工程索引》(Ei Compendex)、英国《科学文摘》、中国科学引文数据库(CSCD)、《中文核心期刊要目总览》、中国科技论文统计源期刊等数据库收录。
　　《东南大学学报(自然科学版)》先后荣获第三届国家期刊奖百种重点期刊奖，首届、第二届和第三届中国高校精品科技期刊奖，首届、第二届和第三届中国科技论文在线优秀期刊一等奖等。2008年被中国科技信息研究所评为百种中国杰出学术期刊，2008年和2011年被中国科技信息研究所评为中国精品科技期刊。2009年和2011年被武汉大学中国科学评价研究中心评为RCCSE中国权威学术期刊，2012年入选“2012中国最具国际影响力学术期刊”，2013年获首届江苏省新闻出版政府奖“报刊奖”。
　　Journal of Southeast University (English Edition) 被美国《工程索引》(Ei Compendex)、英国《科学文摘》等7家国际重要数据库收录。2010年荣获第三届中国高校优秀科技期刊奖。